L'espèce : définition et nomenclature

Au cours de la rencontre de septembre 2006, on en est venu à parler de l'espèce, notion pas forcément simple à appréhender. Alors faisons un petit point.

Que nous dit ce bon vieux dictionnaire :
"Ensemble d'individus animaux ou végétaux semblables par leur aspect, leur habitat, féconds entre eux mais stériles avec tout individu d'une autre espèce".

Définition parfaitement claire et on ne peut plus simple.

Mais (bah oui, y'a un mais, vous l'avez vu venir celui là non ?) cette définition est aujourd'hui de plus en plus difficile à appliquer.

En effet, de nombreuses espèces différentes, s'hybrident plus ou moins facilement. On ne considèrera cependant qu'une interfécondité est avérée uniquement si la reproduction est positive sur 3 à 5 générations. Sans oublier de pratiquer des croisements en retour (c'est à dire avec le parent immédiat).

Je vous passe également le couplet habituel sur les bactéries, dont des espèces mêmes éloignées parviennent à « s’échanger » une partie de leur génome !!

La définition classique de l'espèce est donc difficilement applicable.

D'autres critères sont dès lors pris en compte dans la pratique ; caractères morphologiques (nombres de rayons des diverses nageoires, forme des écailles, différents rapports de longueur, morphologie de l'arc branchial...), plus rarement le comportement et la coloration.

Pour les ichtyologues, les critères anatomiques d'identification (après avoir déterminé la famille) parmi les plus fiables sont la dentition et les branchiospines (peignes branchiaux).

Mais revenons en au commencement.
Le premier système approuvé par tous, et toujours utilisé aujourd'hui, qui a permis de classer de façon uniforme le monde animal, a été inventé par le naturaliste suédois Carl von LINNE (1707-1778).


L'unité de ce système est l'espèce. Chaque espèce est nommée au travers d'une nomenclature binomiale. Le premier nom étant le genre et le second celui de l'espèce.

Exemple : Apistogramma agassizii.

C'est cette nomenclature binomiale et le choix de l'utilisation d'une langue morte (donc qui n'évolue plus) qui permettent aujourd’hui à tout un chacun, quelque soit le pays, de savoir qu'ils parlent bien d’une espèce donnée. Ce qui est loin d'être le cas avec les noms vernaculaires.

La classification des espèces utilise plusieurs rangs qui permettent de ranger les espèces selon leur proximité phylogénétique.

Les rangs principaux sont les suivants (moyen mémotechnique retenir RECOFGE) :
Règne
Embranchement
Classe
Ordre
Famille
Genre
Espèce

A ces rangs s’ajoutent les suivants, utilisés moins couramment (dans l’ordre), certains n’étant pratiquement plus utilisés qu’en paléontologie :
Sous-règne / Super-embranchement / Sous-embranchement
Super-classe / Sous-classe / Infra-classe
Super-ordre / Sous-ordre / Infra-ordre
Super-famille / Sous-famille
Tribu / Sous-tribu
Sous-genre
Section / Sous-section
Série / Sous-série
Sous-espèce
Variété ou Race / Sous-variété ou Sous-race
Forme / Sous-forme


Règles d'écriture des noms d'espèces :

L’écriture des noms d’espèces répond à des règles strictes, certaines d’entres elles ne sont utilisées que pour les publications scientifiques rigoureuses. Les articles aquariophiles ne sont tout au plus que des articles de vulgarisation scientifique, il n’est donc pas utiles de toutes les appliquées.

Cependant et afin de se faire comprendre par le plus grand nombre, on veillera à les respecter le plus possible :

Le nom de genre commence par une majuscule et est invariable (des Apistogramma et non des apistogrammas), le nom d'espèce une minuscule, le tout étant inscrit en italique (ou souligné).
Le nom du descripteur et la date de description suivent séparés par une virgule. Ils sont placés entre parenthèse si le nom de genre a été modifié.

De plus, l’orthographe des noms d'espèces constitués d'un adjectif est soumise aux règles d'accord avec celui des noms de genres :

- Lorsque le nom de genre est neutre le nom d'espèce prend un "um"
- Lorsque le nom de genre est masculin le nom d'espèce prend un "us"
- Lorsque le nom de genre est féminin le nom d'espèce prend un "a"
- Lorsque l'espèce est nommée en l'honneur d'une personne, son nom est latinisé et est mis au génitif, il prend alors un "i" si c'est un homme et "ae" si c'est une femme.
- Lorsque le nom fait référence à une localité d'origine il peut également se terminer par "ensis".

Il existe malheureusement de nombreux contournements et fautes à cette règle.

Pour exemple, le nom de genre des Parosphromenus est mal orthographié (il est fait référence à osphronemus de Osphronemus goramy), mais il reste valide.
Régulièrement dans des publications, les auteurs « corrigent » et notent Parosphronemus. Cependant c’est bel est bien une erreur, tant que le nom de genre n’a pas été révisé par la Commission de nomenclature, l’orthographe d’un nom scientifique ne doit pas être modifié.

Significations des abréviations :

Des abréviations sont très souvent ajoutées derrière les noms de genres ou d’espèces.

sp. pour species : Cela indique que l'espèce n'est encore décrite. On lui donne donc un nom commercial.
Il est d'usage de mettre alors le nom entre " ", ce nom est généralement le lieu de pêche ou une spécificité morphologique de l'espèce. Il faut par ailleurs se méfier d'appelations fantaisistes.

cf. pour confer : On utilise cette abréviation pour indiquer que l'espèce est probablement celle que l'on nomme, mais que l'on en est pas certain.
Exemple : Betta cf.balunga

aff pour affinis : Cette abréviation est finalement assez proche de cf. On l'utilise pour indiquer que l'espèce est "proche de". Betta sp.aff coccina.
On l'utilise principalement avant description d'une espèce nouvelle.


Quelques liens :

Espèce : http://fr.wikipedia.org/wiki/Esp%C3%A8ce

Etymologie des noms :
- http://cil.france.free.fr/spip/spip.php?article107
- http://www.forumaqua.com/topic-63947-8.html

Données méristiques pour la description :
http://cil.france.free.fr/spip/spip.php?article103

Carl von Linné :
http://fr.wikipedia.org/wiki/Carl_von_Linn%C3%A9

Pour compléter l'article, ci-joint un exemple de classification complète (j'ai indiqué les termes en français et non en latin pour plus de compréhension)

Règne : Animal
Embranchement : Chordé
Sous-embranchement. : Vertebré
Super-classe : Osteichthien
Classe :Actinopterygien
Sous-classe : Neopterygien
Infra-classe : Teleosteien
Super-ordre : Acanthopterygien
Ordre : Perciformes
Sous-ordre : Anabantoidé
Famille : Osphronemidé
Sous-famille : Macropodiné
Genre : Betta

Une nouvelle fois, la rencontre Naturawild m'a redonné l'envie d'écrire.

On a évoqué la rigueur scientifique, qui peut souvent paraître inutile dans notre passion, notamment dans l'utilisation de la nomenclature.
C'est en partie exact, du moment que chacun est certain de parler du même poisson, mais qui sait, au gré de vos lectures, peut-être en aurez vous besoin.

Comme vu dans le précédent sujet, dans un article scientifique, le nom d'espèce est toujours indiqué en itallique, un nom patronymique en majuscule et une date le suive.
Pour mémoire, les autres taxons (famille, ordre...) ne sont par contre pas indiqués en italique.

Exemple :
Crenicichla saxatilis (LINNE, 1758). Le nom du premier descripteur est placé entre parenthèse si l'espèce se trouvait classée dans un autre genre lors de la description.
L'année est l'année de parution de la description dans un livre ou une revue. Elle n'est pas l'année de découverte de l'espèce.
De même qu'il ne faut pas confondre descripteur et "découvreur".

Si une virgule est placée entre le nom de l'espèce et le patronyme, cela signifie que la personne a cité (ou étudié l'espèce) dans un article paru à la date indiquée (et non pas qu'il la décrite).

Le Genre : première base de l'uniformité

Le nom de genre d'une espèce indique ses relations parentales : deux espèces d'un même genre se "ressembleront" donc mais elles seront aussi monophylétiques.
Monophylétique signifie même origine, ils doivent donc avoir des ancêtres communs.
Reste à délimiter les genres !
La théorie de l'évolution admise actuellement veut que toutes les espèces soient finalement apparentées.

A partir de quel moment appartiennent-elles donc au même genre ?
Des critères doivent donc être définis.

Par exemple, pour le genre Ctenopoma, un des principaux critères est la forme de certaines écailles (dites en forme de peignes).

Les critères sont en grande majorité des critères anatomiques (écailles, dents, structure du crâne, ceintures pectorale et pelvienne, structure de certaines nageoires), les parties molles ne sont généralement pas utilisées et le comportement encore plus rarement.

Ces critères devront aussi permettre de différencier les espèces sans tenir compte des convergences évolutionnelles.
(convergence : même adaptations anatomique à des contraintes identique du milieu)
Par exemple, l'organe labyrinthe n'est pas un bon critère de différenciation, celui-ci étant apparu à différents endroits du monde et différentes périodes sans lien phylogénétique.
(Il semblerait cependant que sa morphologie diffère légèrement d'un cas à l'autre donc que parfois il soit tout de même utilisé).
RIEN N'EST SIMPLE !

Des changements de noms : mais pourquoi faire ?

Les changements de noms, auxquels tout aquariophile est rapidement habitué, sont toujours agaçants et on a vite l'impression qu'ils sont dus à de joyeux scientifiques s'ennuyant au fond de leur laboratoire...
Et bien que ni ni, généralement les modifications sont simplement dues au fait que l'espèce a été mal déterminée lors de sa première description. Ou encore, plus souvent, à la découverte de nouvelles espèces (et genres) remettant en question le classement en cours.

Une autre explication vient aussi du fait que certaines espèces ont été décrites plusieurs fois par des personnes différentes. Intervient alors la règle de priorité pour donner le nom "définitif".

1 exemple de double erreur ?

Bloch a décrit le Macropode à queue ronde et lui a donné le nom de Macropodus chinensis.
Or il s'est trouvé que le poisson utilisé pour la description était en réalité une forme un peu originale de Macropodus opercularis...
Le Macropode à queue ronde avait de plus déjà été décrit sous le nom de Macropodus ocellatus CANTOR, 1842.
Bloch ayant fait sa description bien plus tard, et le nom s'étant répandu plus facilement (notamment dans la communauté aquariophile) il est aujourd'hui encore fréquent de trouver cependant le nom de M.chinensis...

Il est probable qu'avec les moyens de communication actuels, ce genre d'erreur se produira de moins en moins.

Une autre ? je sens que vous aimez les petites histoires !

Le premier descripteur de Colisa chuna fit une erreur. Il avait en sa possession des mâles et des femelles. Il pensa qu'il s'agissait de deux espèces différentes. Il décrit donc Colisa sota, pour le mâle et Colisa chuna, pour les femelles.
Lorsque l'erreur fut découverte, un vif débat fut déclencher.... pour aboutir finalement à Colisa chuna (à vérifier), puisqu'il fallait bien ne garder qu'un nom.

Mais alors qui arbitre tout ça ?

Commission internationale de nomenclature zoologique !!
Elle est là pour faire respecter le Code de Nomenclature Zoologique International (ICZN pour les intimes) qu'elle publie.
Les diverses décisions importantes paraissent dans le "Bulletin of Zoological Nomenclature".
Le secrétariat est à Londres (et non pas en Suisse comme on le pense souvent... moi même d'ailleurs )

Quelques liens :
http://www.iczn.org/
http://www.iczn.org/iczn/index.jsp

La sous-espèce : réalité biologique ?

Pour certaines espèces il est utile de définir des sous-espèces.
Sans rentrer dans les détails, une sous-espèce présente des signes caractérisant la "population" de cette espèce par rapport aux autres "populations" sans toutefois qu'il y ait de barrière génétique aux croisements avec une autre population de la même espèce.

Ces signes distinctifs sont généralement ceux couramment utilisés chez les aquariophiles : couleurs, comportements, tailles, voire mode de reproduction (exemple du B. brownorum).

Toutes les espèces ne possèdent pas de sous-espèce, il faut pour cela que plusieurs facteurs soient réunis :
- aire de répartition de l'espèce large
- aire de répartition de l'espèce discontinue (que tous les biotopes ne soient pas colonisés), donc apparition d'îlots de distribution.
- taux de reproduction élevé (non obligatoire mais cela accélère la différenciation).

Pour la sous-espèce, la description géographique précise est plus que primordiale.

La sous-espèce est au finale la plus petite des subdivisions définies par le code de nomenclature.
Cependant, les aquariophiles utilisent souvent d'autres classements : complexes, formes, variétés, population (notamment pour les Killies).

Les killiphiles justifie l'utilisation de la population par plusieurs aspects :
1) isoler genetiquement une population afin de ne pas "poluer la souche"
2) il y a une énorme variabilité phénotypique au sein d'une même espece en fonction des population
3) au sein meme d'une même population, on peut même avoir deux voir trois phénotypes distincts pour une espece donnée (A. elberti au cameroun par exemple)

Merci à Cyno pour sa judicieuse remarque sur les killi